扁桃体发炎实际上是机体的一个防卫反应。扁桃体属淋巴组织，大小有如杏核。张开口腔，发“啊”音，在口咽部的外侧壁的扁桃体窝中就可以看到它。
扁桃体如此容易发炎与它的解剖结构有关，在扁桃体表层覆盖一层复层扁平上皮，这层上皮向腺体的深部凹陷形成6～20个陷窝，在这些陷窝中积存有不少分泌物，亦有不少细菌寄生于其中。
在正常情况下，扁桃体的上皮完整，粘液腺不断分泌粘液，把陷窝内的细菌及脱落的上皮细胞从陷窝口中排出，因此，扁桃体不会发炎。当机体因过度疲劳、受凉，局部受到物理、化学因素影响后，扁桃体血流减少，腺体分泌机能下降，细菌就会乘虚向扁桃体陷窝的上皮层侵入，而引起发炎。如果陷窝发生阻塞，引流不畅，脱落的上皮及其他污物碎屑积累在内，则更有利于细菌的繁殖，此时更易引起扁桃体发炎。
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